R 3.5.0 nefunguje na Ubuntu 18.04?

Právě jsem nainstaloval Ubuntu 18.04 na svůj testovací notebook. Celková čerstvá instalace (vyberte možnost „minimální“). První dvě věci, které jsem udělal, byly instalace R 3.5 a R Studio 1.1.453 . Pokud otevřu novou instalaci R a nechám ji nečinně asi 30 minut, nakonec se mi zobrazí chyba "Error: Unable to establish connection with R session" .

V tuto chvíli nemohu v R Studio nic dělat a musím xkill a znovu načtěte vše, abyste mohli pokračovat v programování. Vyhledávání na internetu ukazuje, že se tento problém objevuje opakovaně od doby, kdy si lidé instalují R/R Studio na počítačích Ubuntu, které používají GNOME. Nejsem si jistý, jestli je hlavní příčinou GNOME, ale je to zajímavé.

Vyřešil to někdo? Nebo možná spouštíte R 3.5 v pořádku na Ubuntu 18.04 bez problémů. Prosím dej mi vědět. Mohu běžet pouze asi 30 minut, než tento problém způsobí výpadek mého systému. A můj systém je čerstvou instalací Bionic Beaver s pouze R. Divné.

—— a pro ty, kteří by se zajímali ——

instalace pro R byla přes

sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/"
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base r-base-dev

a R Studio bylo nainstalováno prostřednictvím tohoto odkazu prostřednictvím softwarového centra Ubuntu
https://download1.rstudio.org/rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb

a spekuluje se, že náhledová verze R Studio to může opravit (TBD)
https://s3.amazonaws.com/rstudio-ide-build/desktop/trusty/amd64/rstudio-1.2.792-amd64.deb

Přijatá odpověď:

V současné době zrcadlo CRAN poskytuje standardně R 3.6.

Chcete-li získat R 3.5 na Ubuntu 18.04 LTS, musíme přidat úložiště CRAN s:

sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/"
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update

a poté upravte APT na nejvyšší prioritu verzí R 3.5.x pro úložiště CRAN pomocí dlouhého jediného příkazu:

cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/preferences.d/pin-r35
Package: r-*
Pin: release a=bionic-cran35
Pin: version 3.5*
Pin-Priority: 800

Package: r-cran-nlme
Pin: release a=bionic-cran35
Pin: version 3.1.139-1bionic0
Pin-Priority: 800

Package: r-cran-cluster
Pin: release a=bionic-cran35
Pin: version 2.0.8-1bionic0
Pin-Priority: 800
EOF

Poté nainstalujte R 3.5 pomocí příkazu níže:

sudo apt-get install r-base r-base-dev

A nakonec zkontrolujte, zda je verze R 3.5:

$ R

R version 3.5.3 (2019-03-11) -- "Great Truth"

Poznámky:

1. Tuto metodu jsem zkontroloval na čistém virtuálním počítači Ubuntu 18.04 LTS se dvěma nainstalovanými základními balíčky R – r-base a r-base-dev (a jejich závislosti).
2. Pokud se chcete vrátit k R 3.6 – pak jednoduše odstraňte soubor pin/lock pomocí sudo rm /etc/apt/preferences.d/pin-r35 a spusťte sudo apt-get dist-upgrade získat nejnovější závislosti.
3. U Ubuntu 16.04 LTS je metoda velmi podobná – viz moje další odpověď.

Související:Mac – Vytvoření virtuálního počítače Ubuntu pomocí VirtualBox?