Bio-Linux byl představen a podrobně popsán v dokumentu Nature Biotechnology v červenci 2006. Distribuce byla skupinovým úsilím Natural Environment Research Council ve Spojeném království. Jak zdůrazňují tvůrci a autoři, analytické požadavky vysoce výkonné „-omické“ (genomické, proteomické, metabolomické) vědy si vyžádaly vývoj integrovaných počítačových řešení pro analýzu výsledných hor experimentálních dat.
Z této potřeby se zrodil Bio-Linux. Distribuce podle jejích tvůrců slouží jako „bezplatná platforma bioinformatických pracovních stanic, kterou lze nainstalovat na cokoli od notebooku po velký server“. Aktuální verze distro, Bio-Linux 8, je postavena na základně Ubuntu 14.04 LTS. Celkový vzhled a dojem z Bio-Linuxu je tedy podobný jako u Ubuntu.
Ve své vlastní práci výzkumného imunologa mohu potvrdit jak potřebu, tak úspěch integrovaného softwarového přístupu při návrhu a vývoji Bio-Linuxu. Bio-Linux funguje jako skutečné řešení na klíč pro požadavky moderní vědy na datové kanály. Jak je zmíněno na webových stránkách, Bio-Linux obsahuje více než 250 předinstalovaných softwarových balíčků, z nichž mnohé jsou specifické pro požadavky analýzy bioinformatických dat.
Další zdroje pro Linux
- Cheat pro příkazy Linuxu
- Cheat sheet pro pokročilé příkazy systému Linux
- Bezplatný online kurz:Technický přehled RHEL
- Síťový cheat pro Linux
- Cheat sheet SELinux
- Cheat pro běžné příkazy pro Linux
- Co jsou kontejnery systému Linux?
- Naše nejnovější články o Linuxu
Síla tohoto přístupu se okamžitě projeví, když se pokusíte duplikovat proces instalace softwaru pod jiným operačním systémem. Integrace všech softwarových komponent a instalace všech požadovaných závislostí je nesmírně časově náročná a v některých případech to není možné ani mimo operační systém Linux. Distro Bio-Linux poskytuje přenosné, stabilní, integrované prostředí s předinstalovaným softwarem dostatečným pro zahájení široké škály úloh bioinformatické analýzy.
Nyní si pravděpodobně říkáte:„Jsem prodán – jak získám toto úžasné distro?“
jsem rád, že ses zeptal. Začnu tím, že na webu Bio-Linux je vynikající dokumentace. Tato dokumentace obsahuje jak pokyny k instalaci, tak velmi důkladný přehled používání distribuce.
Distro lze nainstalovat a spustit lokálně, spustit z CD/DVD nebo USB, nainstalovat na server nebo spustit z prostředí virtuálního stroje. Chcete-li zahájit proces instalace pro místní instalaci, stáhněte si obraz disku nebo ISO pro distribuci Bio-Linux. Obraz disku je soubor o velikosti 3,3 GB a v závislosti na rychlosti stahování z internetu může být vhodná chvíle dát si šálek kávy nebo si pěkně zdřímnout.
Po stažení ISO doporučují vývojáři Bio-Linuxu použít UNetBootin, volně dostupný multiplatformní softwarový balíček používaný k výrobě bootovatelných USB. Na webu Bio-Linux je uveden odkaz pro UNetBootin. Mohu potvrdit účinnost UNetBootin v operačních systémech Mac i Linux.
Na operačních systémech rodiny Unix (Mac OS a Linux) je také možné vytvořit zaváděcí USB z příkazového řádku pomocí dd příkaz:
[sudo umount “Umístění USB”
sudo dd bs=4M if=”Umístění ISO” of =”Umístění USB” conv=fdatasync]
Bez ohledu na metodu, kterou používáte, může být další vhodná chvíle na přestávku na kávu.
V tomto bodě mé instalace se zdálo, že UNetBootin zamrzl na squashfs přenos souborů během vytváření bootovatelného USB. Rychlá kontrola aplikace Ubuntu disky však potvrdila, že se soubor stále zapisuje na USB. Jinými slovy, buďte trpěliví – vytvoření zaváděcího USB trvá poměrně dlouho.
Jakmile si vypijete kávu a budete mít hotové USB v ruce, jste připraveni používat Bio-Linux. Jak uvádí webová stránka Bio-Linux, pokud se pokoušíte použít zaváděcí USB s počítačem Mac (zejména novější verze hardwaru), nemusí být možné zavést systém z USB. Existují zástupná řešení, ale zahrnují konfiguraci systému pro duální spouštění. Podobně na počítačích se systémem Windows může být nutné provést změny v pořadí spouštění a možná i nastavení zabezpečeného spouštění počítače z BIOSu.
Od tohoto okamžiku je na vás, jak budete distro používat. Distro můžete spustit z USB a vyzkoušet. Distro si můžete nainstalovat do počítače. Můžete dokonce postupovat podle pokynů na webu Bio-Linux a vytvořit instanci VM distribuce nebo ji spustit na serveru. Bez ohledu na to, jak jej používáte, máte k dispozici vysoce výkonnou pracovní stanici pro analýzu bioinformačních dat.
Možná takovou pracovní stanici potřebujete profesionálně, ale i když Bio-Linux nikdy nepoužíváte jako profesionální výzkumník, mohl by poskytnout skvělý zdroj pro odborníky na výuku biologie na všech úrovních, aby mohli studenty seznámit s moderními principy bioinformatiky. Za cenu notebooku a USB může mít každá škola výukový zdroj in silico, který doplní hodiny ve třídě ve věku „-omics“. Vaším jediným omezením je vaše kreativita a výkon vašeho hardwaru.
Více o Linuxu
Linuxové jádro jako operační systém s otevřeným zdrojovým kódem se silnou podporou komunity sdílí mnoho silných stránek společných s jinými úspěšnými snahami o open source software. Linux má tendenci být stabilní a přizpůsobitelný. Je také poměrně hardwarově agnostický a dokáže běžet spolu s jinými operačními systémy na široké řadě hardwarových konfigurací. Instalace Linuxu je ve skutečnosti běžnou metodou, jak znovu získat použitelnost ze zastaralého hardwaru, který není schopen provozovat jiné moderní operační systémy. Linux je také vysoce přenosný a lze jej spouštět z jakéhokoli zaváděcího externího úložného zařízení, jako je USB disk, bez nutnosti trvalé instalace operačního systému.
Právě tato kombinace stability, přizpůsobitelnosti a přenositelnosti mě zpočátku přitahovala k Linuxu. Každá varianta operačního systému Linux je označována jako distribuce (nebo distro ), a zdá se, že existuje distribuce Linuxu pro každý představitelný počítačový scénář nebo přání. Možnosti mohou být ve skutečnosti poněkud zastrašující a mám podezření, že mohou často lidi odradit od vyzkoušení Linuxu.
"Kolik různých distribucí může existovat?" možná se divíte. Pokud máte pár minut nebo dokonce několik hodin, podívejte se na DistroWatch.com. Jak název napovídá, tato stránka je věnována katalogizaci všeho, co souvisí s distribucí Linuxu. Pro vizuální studenty je k dispozici úžasný rodokmen Linuxu, který jej skutečně uvádí do perspektivy.
Zatímco celé knihy jsou věnovány tématu linuxových distribucí, rozdíly často závisí na tom, jaký software je součástí základní instalace, jak je software spravován a na grafických rozdílech ovlivňujících „vzhled a dojem“ distribuce. Jistě, existují také jemnosti hardwarové kompatibility, rychlosti a stability.