featureCounts je vysoce účinný a přesný program pro shrnutí čtení.
Obecná syntaxe příkazu je:
featureCounts [options] -a [annotation_file] -o [output_file] input_file1 [input_file2]
V případě, že narazíte na níže uvedenou chybu:
featureCounts: command not found
Možná budete muset nainstalovat balíček subread podle vašeho výběru operačního systému:
| Distribuce | Příkaz |
|---|---|
| Debian | apt-get install subread |
| Ubuntu | apt-get install subread |
| Kali Linux | apt-get install subread |
| Raspbian | apt-get install subread |
Balíček Subread obsahuje sadu softwarových programů pro zpracování čtených dat sekvenování nové generace, včetně:
- Dílčí čtení :univerzální čtecí zarovnávač, který dokáže zarovnat čtení genomové DNA-seq i RNA-seq. Může být také použit k objevování genomových mutací včetně krátkých indelů a strukturálních variant.
- Subjunc :čtecí aligner vyvinutý pro zarovnání čtení RNA-seq a pro detekci spojení exon-exon. Události genové fúze lze také detekovat.
- featureCounts :softwarový program vyvinutý pro počítání čtení genomických prvků, jako jsou geny, exony, promotory a genomové koše.
- Poddlouhé :zarovnávač s dlouhým čtením, který je navržen na základě seed-and-vote.
- přesné SNP :SNP volající, který objevuje SNP testováním signálů proti místním šumům na pozadí.