Protože nevím, kterou verzi automake můžete použít DESTDIR proměnná prostředí. 
 Pro jistotu se podívejte na Makefile.
Například:
 export DESTDIR="$HOME/Software/LocalInstall" && make -j4 install
 Záleží na balíčku. Pokud je Makefile generován GNU autotools (./configure ) můžete obvykle nastavit cílové umístění takto:
./configure --prefix=/somewhere/else/than/usr/local
Pokud Makefile není generován automatickými nástroji, ale distribuován spolu se softwarem, jednoduše jej otevřete v editoru a změňte jej. Cílový adresář instalace je pravděpodobně někde definován v proměnné.