Měl jsem stejnou chybu jako vy a právě jsem ji vyřešil, takže vám to možná pomůže (i když si nemyslím, že vaše chyba je způsobena stejným problémem jako já).
Zjistil jsem, že všechny nástroje v ../tools nemají oprávnění ke spuštění, tak jsem použil
chmod -R 777 ../tools
z příkazového řádku a konečně to funguje
Na Ubuntu 16.04 LTS x64 pomocí Android Studio 2.1 (testováno také na 2.3.3) spusťte z terminálu:
sudo apt-get install lib32stdc++6
Tak jsem našel problém. Používal jsem 64bitovou instalaci Linuxu, která ve výchozím nastavení neměla nainstalovaný balíček ia32-libs. Obslužný program mksdcard se bez tohoto balíčku nespustí. Po instalaci jsem byl schopen bez problému sestavit AVD pomocí správce AVD.