Popisovače souborů jsou sdíleny mezi vlákny. Pokud chcete offsety „specifické pro vlákno“, proč nenechat každé vlákno používat jiný deskriptor souboru (open(2) vícekrát) ?
Ne, na proces existuje pouze jedna tabulka deskriptorů souborů a je sdílena všemi vlákny.
Z vašeho popisu problému se možná budete chtít podívat na funkce pread() a pwrite().