V dokumentu Passenger o tom pojednává kapitola „Obecná metoda instalace, aktualizace a downgrade:přes RubyGems“. V zásadě platí, že jakmile je drahokam Passenger nainstalován, je třeba nginx znovu zkompilovat (a poté použít místo nginx yum/apt-get-installed, pokud existuje). Nástroj pro kompilaci/konfiguraci Passenger „passenger-install-nginx-module“ to udělá za vás (je součástí klenotu Passenger) a automaticky obsahuje nezbytné přepínače pro Passenger. Také vám dává možnost přidat své vlastní přepínače (například pro extra moduly nebo povolit/zakázat vestavěné funkce NGiNX).
Myslím, že váš problém je v tom, že modul pro cestující není v nginx přítomen.
Všechny direktivy závislé na cestujících, které jste popsali (passenger_root, Passenger_ruby, Passer_enabled) jsou dostupné pouze tehdy, když je modul pro cestující připojen na nginx. To je důvod, proč musíte kompilovat nginx s --add-module='/path/to/passenger-3.0.9/ext/nginx' .
Bohužel nevím o žádné metodě, jak povolit modul pro cestující bez opětovné instalace nginx. Ale podle http://wiki.nginx.org/Modules "moduly Nginx musí být vybrány při kompilaci.", takže může existovat šance, že neexistuje způsob, jak to udělat.