Podle dokumentů (http://tomcat.apache.org/tomcat-7.0-doc/RUNNING.txt) byste měli nastavit všechny proměnné env v $CATALINA_HOME/bin/setenv.sh
EDIT:Pro úplnost, myslím, že stojí za zmínku, že i když je to doporučený způsob, výše uvedené dokumenty uvádějí, že:
Ve výchozím nastavení chybí soubor skriptu setenv. Pokud je soubor skriptu přítomen v CATALINA_BASE i v CATALINA_HOME, dává se přednost souboru v CATALINA_BASE.
V případě, že chybí, můžete také hledat proměnné env v:
/etc/tomcat/tomcat[67].conf
(suse) nebo/etc/default/tomcat[67].conf
(např. ubuntu) nebo/etc/sysconfig/tomcat[67].conf
(rhel, fedora)
Java se nemůže připojit k okennímu serveru X11 pomocí 'localhost:10.0' jako hodnoty proměnné DISPLAY
Jak gzipovat všechny soubory ve všech podadresářích v bash