Tento problém máte také ve skriptu wrapper, který používá
qsub -shell no -b yes -cwd -V somescript.bash arg1 arg2 etc
pokud jej použijete k odeslání dalšího skriptu bash shell. Vytváří nepříjemné
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/sh: error importing function definition for `BASH_FUNC_module'
(toto je Sun Grid Engine 211.11 běžící na CentOS 6.6) Ukázalo se, že věci se vyřeší jednoduchým umístěním následujícího na vrchní část obalového skriptu (nikoli na zabalený skript):
unset module
To je vše.
V /usr/share/Modules/init/bash zakomentoval řádek 'export -f module'.
V normálním přihlašovacím shellu bude modules.sh volán z profile.d, takže příkaz module je dostupný. V nepřihlašovacím shellu, jako je skript appwrapper, nejprve vytvoří výše uvedený soubor.
Obecně ve skriptu aplikací po získání zdroje nad souborem opět dávají příkaz "module load apps/vendor/app", což znamená extra zdroje.
Reference:- http://gridengine.org/pipermail/users/2011-November/002019.html
Z nějakého neznámého důvodu problém vyřešilo přidání středníků na konec každého řádku.