"Chci vytisknout celý soubor v jednotném formátu. Existuje nějaký způsob, jak to může diff udělat?"
Ano.
diff -U 9999999 file1.txt file2.txt > diff.txt
To by mělo fungovat za předpokladu, že vaše soubory mají méně než 10 milionů řádků.
Jedna možnost, která by vám mohla odpovídat,
sdiff :rozdíl mezi soubory vedle sebe.
sdiff -o merged.file left.file right.file
Jakmile tam budete, vyzve vás, jaké řádky z kterého souboru chcete zachovat. Stiskněte ? a poté enter za malou pomoc. Také man sdiff s podrobným zbožím.
(V mé distribuci jsou zabalené v balíčku "diffutils" [fedora,centos])
Pokud potřebujete proces zautomatizovat, možná budete chtít vyzkoušet nástroj merge , který označí konflikty v souborech. To vás však může vrátit na začátek.