Pro soubory existuje "neměnný" bit.
Programy (dokonce i spuštěné jako root) nebudou moci se souborem manipulovat. Root to samozřejmě může vrátit zpět, ale většina programů (zejména těch, které nejsou škodlivé) se přes to nedostane.
Nastavte jej pomocí
sudo chattr +i file
měli byste mít kořenové perm
sudo chattr +i file