Toto je trochu chaotické, ale funguje to jako jednoduché řešení v historii příkazů. Všechny standardní nástroje. Výstup je v podstatě stejný jako to, co získáte z normálního volání qstat, ale nedostanete záhlaví:
Jedna vložka:
qstat -xml | tr '\n' ' ' | sed 's#<job_list[^>]*>#\n#g' \
| sed 's#<[^>]*>##g' | grep " " | column -t
Popis příkazů:
Seznam úloh jako XML:
qstat -xml
Odebrat všechny nové řádky:
tr '\n' ' '
Přidat nový řádek před každou položku úlohy v seznamu:
sed 's#<job_list[^>]*>#\n#g'
Odebrat všechny položky XML:
sed 's#<[^>]*>##g'
Hackujte pro přidání nového řádku na konec:
grep " "
Seřadit:
column -t
Ukázkový výstup
351996 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXX_XXXX_XXXXXX user123 r 2015-06-25T15:38:41 [email protected] 1
351997 0.50502 ProjectA_XXX_XXXX_XXX user123 r 2015-06-25T15:39:26 [email protected] 1
351998 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX user123 r 2015-06-25T15:40:26 [email protected] 1
351999 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX user123 r 2015-06-25T15:42:11 [email protected] 1
352001 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX user123 r 2015-06-25T15:42:11 [email protected] 1
352008 0.50501 runXXXX69 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352009 0.50501 runXXXX70 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352010 0.50501 runXXXX71 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352011 0.50501 runXXXX72 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352012 0.50501 runXXXX73 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352013 0.50501 runXXXX74 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
Možná jednodušší řešení:nastavte SGE_LONG_JOB_NAMES na -1 a qstat zjistí velikost sloupce názvu:
export SGE_LONG_JOB_NAMES=-1
qstat -u username
Funguje pro mě.
Na zdraví!
Momentálně píšu svůj vlastní qstat wrapper, abyste získali čistý, užitečný a přizpůsobitelný výstup.
Zde je úložiště github. Projekt se příliš rozrostl na to, aby bylo možné kód vložit do této zprávy.
Dodává se s instalačním programem a měl by bez problémů fungovat jak s Pythonem 2.7, tak s 3 (instalační skript provede úpravy v případě potřeby). qjobs -h poskytuje určitou nápovědu k dostupným možnostem. V následujících dnech napíšu úplnější dokumentaci na wiki github.
Tuto zprávu budu aktualizovat co nejčastěji, abych se držel aktuálního stavu projektu. Neváhejte se vyjádřit zde (nebo na githubu) a zeptat se na funkce/nahlásit problémy.
V blízké budoucnosti se pokusím přidat plně interaktivní režim pro snazší procházení seznamu úloh. Klasický textový výstup bude samozřejmě stále k dispozici (může být užitečné poslat výstup e-mailem nebo pro rychlou kontrolu čekajících/běžících úloh).
Ukázkový výstup
Příkaz qjobs dává:
5599109 short_name r 2015-06-25 10:27:39 queue1
5599110 jobName r 2015-06-25 10:35:39 queue2
5599111 a_long_job_name qw 2015-06-25 10:40:39
5599112 foo qw 2015-06-25 10:40:39
5599113 bar qw 2015-06-25 10:40:39
5599114 baz qw 2015-06-25 10:40:39
5599115 beer qw 2015-06-25 10:40:39
tot: 7
r: 2 qw: 5
Příkaz qjobs -o dává:
tot: 7
r: 2 qw: 5
Příkaz qjobs -o inek -t dává (e je čas, který uplynul od počátečního/dílčího času, formát lze přizpůsobit pomocí Specifikace formátu. Mini-jazyk Pythonu; k je úplný název fronty s doménou):
5598985 SpongeBob 522:02 (21.75 days) [email protected]
5598987 ping_java 521:47 (21.74 days) [email protected]
5598988 run3.14 521:46 (21.74 days) [email protected]
5598990 strange_job_42 521:42 (21.74 days) [email protected]
5598991 coffee-maker 521:39 (21.74 days) [email protected]
5598992 dumbtask 521:29 (21.73 days) [email protected]
qjobs -i poskytuje úplný seznam dostupných „položek“. Každá z těchto položek je dostupná jako:
- výstup sloupce (s
-o ITEMS); - jako kritérium pro počítání úlohy a vytvoření celkového výstupu s
-t(např.-t spočítat podle stavu jako v prvních dvou příkladech); - jako kritérium pro řazení úlohy pomocí
-s, výchozí je-s ipscož znamená, že seznam úloh je před vytištěním seřazen podle ID, poté podle priority a nakonec podle stavu.
Výsledek qjobs -i je:
i: job id
p: job priority
n: job name
o: job owner
s: job state
t: job start/submission time
e: elapsed time since start/submission
q: queue name without domain
d: queue domain
k: queue name with domain
r: requested queue(s)
l: number of slots used
Tento skript funguje docela dobře. Vypadá to jako z cambridge. http://www.hep.ph.ic.ac.uk/~dbauer/grid/myqstat.py
Pro Python 3:
#!/usr/bin/python
import xml.dom.minidom
import os
import sys
import string
f=os.popen('qstat -u \* -xml -r')
dom=xml.dom.minidom.parse(f)
jobs=dom.getElementsByTagName('job_info')
run=jobs[0]
runjobs=run.getElementsByTagName('job_list')
def fakeqstat(joblist):
for r in joblist:
try:
jobname=r.getElementsByTagName('JB_name')[0].childNodes[0].data
jobown=r.getElementsByTagName('JB_owner')[0].childNodes[0].data
jobstate=r.getElementsByTagName('state')[0].childNodes[0].data
jobnum=r.getElementsByTagName('JB_job_number')[0].childNodes[0].data
jobtime='not set'
if(jobstate=='r'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
elif(jobstate=='dt'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
else:
jobtime=r.getElementsByTagName('JB_submission_time')[0].childNodes[0].data
print(jobnum, '\t', jobown.ljust(16), '\t', jobname.ljust(16),'\t', jobstate,'\t',jobtime)
except Exception as e:
print(e)
fakeqstat(runjobs)
Pro Python 2:
#!/usr/bin/python
import xml.dom.minidom
import os
import sys
import string
#import re
f=os.popen('qstat -u \* -xml -r')
dom=xml.dom.minidom.parse(f)
jobs=dom.getElementsByTagName('job_info')
run=jobs[0]
runjobs=run.getElementsByTagName('job_list')
def fakeqstat(joblist):
for r in joblist:
jobname=r.getElementsByTagName('JB_name')[0].childNodes[0].data
jobown=r.getElementsByTagName('JB_owner')[0].childNodes[0].data
jobstate=r.getElementsByTagName('state')[0].childNodes[0].data
jobnum=r.getElementsByTagName('JB_job_number')[0].childNodes[0].data
jobtime='not set'
if(jobstate=='r'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
elif(jobstate=='dt'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
else:
jobtime=r.getElementsByTagName('JB_submission_time')[0].childNodes[0].data
print jobnum, '\t', jobown.ljust(16), '\t', jobname.ljust(16),'\t', jobstate,'\t',jobtime
fakeqstat(runjobs)