Myslím, že úplná odpověď je spíše kombinací výše uvedeného.
-X (later --sort=extension) je podporován v Linuxu minimálně od FC3 a bude se řadit podle rozšíření. --group-directories-first byl přidán nedávno (možná kolem FC8?). Zdá se však, že kombinace těchto dvou nefunguje (alespoň na FC8).
Zdá se, že primární problém spočívá v použití singulárních primárních klíčů řazení. Podívejte se na tuto diskusi o e-mailové konferenci, kde najdete nějaké informace.
V systému Linux
$ ls --group-directories-first
-X je možnost, kterou hledáte:
ls -lX