Myslím, že se ukládá do ~/.config/google-chrome nebo ~/.config/chromium . I když to mám uvnitř prvního umístění! Podívejte se na Default složka pod tímto umístěním, konkrétněji.
Obvykle je v ~/.config/google-chrome/Default/Bookmarks , kde "Výchozí" je způsob zacházení s uživatelskými jmény a různými možnými relacemi. Může však být také v ~/.config/chromium/Default/Bookmarks .