To, co hledáte, je standard hierarchie souborového systému. Odpovědi na všechny otázky, které položíte, jsou zahrnuty ve FHS.
Pokud jde o psaní aplikací, které vyhovují jakékoli distribuci Linuxu, můžete se také podívat na specifikaci XDG Base Directory Specification. Je více orientovaný na desktop/uživatele.
Standard Hierarchy Filesystem je zde pravděpodobně nejlepší referencí (viz záznam Wikipedie a plný text v různých formátech), jak doporučuje LSB. Ačkoli žádná distribuce, o které vím, zcela neodpovídá standardu, většina z nich je si blízká, takže je to dobrá reference pro rozhodování o vašem vlastním "nejlepším postupu".
Existuje standardní struktura nazvaná Standard hierarchie souborových systémů (FHS). Některé linuxové disty to dodržují, některé ne.
Jednoduše řečeno, pokud jde o /usr a /var, můžete říci, že /usr jsou soubory nainstalované uživatelem, které se nemění, a /var jsou soubory, které se mění (spool, formátovaná dokumentace). Je to proto, abyste mohli například připojit /usr přes síť a mít několik počítačů, které sdílejí "statický" /usr/ a mít lokální /var pro soubory, které jsou "dynamické".
Citáty z Příručky správce systému Linux:http://tldp.org/LDP/sag/html/dir-tree-overview.html
/usr/lib
Neměnné datové soubory pro programy a podsystémy, včetně některých konfiguračních souborů pro celý web. Jméno lib pochází z knihovny; původně byly knihovny programovacích podprogramů uloženy v /usr/lib.
/usr/local
Místo pro místně nainstalovaný software a další soubory. Distribuce sem nesmí nic instalovat. Je vyhrazeno pouze pro použití místnímu správci. Tímto způsobem si může být naprosto jistý, že žádné aktualizace nebo upgrady jeho distribuce nepřepíší žádný další software, který si lokálně nainstaloval.
/var/lib
Soubory, které se mění, když systém běží normálně.
Více si můžete přečíst na http://tldp.org/LDP/sag/html/dir-tree-overview.html, pokud existují další adresáře, o kterých chcete vědět.