Vyřešeno!
Tento příspěvek podrobně popisuje, jak vytvořit prázdný motiv kurzoru a použít jej s xsettings. Už nikdy nevidím svou myš!
http://www.linuxquestions.org/questions/linux-general-1/manually-setting-x-cursor-or-theme-doesnt-work-no-errors-700965/