To, co hledáte, se nazývá „deduplikace“. I když je obvykle implementován prodejci specializovaných úložných produktů, souborový systém ZFS jej implementuje také. Většina operačních systémů odvozených od Unixu může využívat ZFS, a proto bych jej doporučil jako první místo, kam se podívat.
Network Appliance, Inc. má takovou kapacitu úložiště po mnoho let, ve skutečnosti měla stížnosti společnosti Sun Microsystems na jejich souborový systém ZFS a dělá to, co Aaron Miller zmiňuje ve své přijaté odpovědi. Za to, co stojí za to, byly stížnosti vyřízeny s Oracle asi po 3 letech.
Používám to jako firemní řešení od roku 2000 a funguje dobře. Náklady na uložení po první 'kopii' vzniknou, jakmile dojde ke změně v souboru. Jinak s mnoha 'kopiemi' přichází pouze mírné zvýšení jmenného prostoru.
Nemyslím si, že to odpovídá na otázku o "úrovni operačního systému", ale spíše na "úrovni souborového systému".