Závisí na souborovém systému a skutečné kontrole. Např. obvykle není dobrý nápad přerušit reiserfsck --rebuild-tree ale nic se nemůže stát, když přerušíte fsck pouze pro čtení souborového systému ext3.
Kontrola souborového systému při zavádění je obvykle pouze pro čtení, dokud nenajde problém, poté vás před provedením jakýchkoli změn vyzve, takže je pravděpodobně bezpečné přerušit.
Ale je docela možné (a není to neobvyklé u serverů, které se po výpadku musí znovu zapnout), aby bylo nastaveno na automatickou opravu, takže pokud to nevíte jistě že váš systém není nakonfigurován tímto způsobem, nechte jej pro jistotu běžet do konce.
Většina programů fsck je napsána tak, že všechny provedené změny jsou co nejvíce atomické a před odpovědí na signál TERM nebo INT se vyčistí (dokončí nebo vrátí zpět jakoukoli aktuální změnu) (SIGINT je to, co je odesláno do aktivní proces při ctrl +c je stisknuto), takže i aktivně píšící fsck by mělo být bezpečné přerušit, ale nedoporučoval bych riskovat - lepší bezpečí než líto!