najít je tvůj přítel. Myslím, že by to mělo udělat následující:
find <target_dir> -not -name \*.bz2 -exec bzip2 \{\} \;
tj. pokud je adresář, kde jsou soubory, které chcete bzip, /var/log/blah, bylo by to:
find /var/log/blah -not -name \*.bz2 -exec bzip2 \{\} \;