Protože jste požádali o osvědčené postupy:Nejlepší je neinstalovat software, který není v úložištích. Pokud to není možné, nejlepším postupem je sestavit z něj balíčky a použít správce systémových balíčků k jejich správě.
Budete muset přijít na způsob, jak zkontrolovat důležité aktualizace, ale jak to uděláte, je na vás. Ale pokud tam jsou, musíte znovu sestavit a aktualizovat z nových balíčků.
Zkusili jste checkinstall (je v repozitářích Debianu)?
Místo použití make install můžete použít checkinstall a vytvoří (a nainstaluje) balíček se softwarem, takže jej můžete sledovat pomocí správce balíčků.