Jednoduchým řešením je vložit příkaz do skriptu a poté umožnit uživatelům přístup ke skriptu pomocí sudo.
user ALL = (root) NOPASSWD: /path/to/yourscript
Potom
#/bin/bash
chroot /chroots/box /bin/bash -c 'cd /repos/system && git pull'
Ujistěte se, že vaši uživatelé nemají přístup k zápisu do vašeho skriptu.
edit:Upozornění, zdá se, že sudo nezvládá bezpečně mezery v příkazu, takže není bezpečné používat sudo tímto způsobem. https://unix.stackexchange.com/a/279142/39281
Místo použití uvozovek v souboru sudoers můžete mezery ukončit pomocí zpětného lomítka:
user ALL = (root) NOPASSWD: chroot /chroots/box /bin/bash -c cd\ /repos/system\ &&\ git\ pull
Stále jej můžete používat následovně, protože uživatelský shell stejně zpracuje citovaný argument:
chroot /chroots/box /bin/bash -c 'cd /repos/system && git pull'
Osobně se mi líbí druhá odpověď, dát ji do skriptu, ale tato odpovídá na skutečnou otázku.