Swappiness můžete nakonfigurovat podle cgroup:
http://www.kernel.org/doc/Documentation/cgroup-v1/cgroups.txt
http://www.kernel.org/doc/Documentation/cgroup-v1/memory.txt
Pro snazší úvod do cgroups s příklady viz
https://access.redhat.com/site/documentation/en-US/Red_Hat_Enterprise_Linux/6/html/Resource_Management_Guide/ch01.html