Znáte pkgsrc ? Je to framework (používá Makefiles a některé pkg_* tools) pro kompilaci balíčků, což také velmi usnadňuje vytváření balíčků (a jejich závislostí) bez oprávnění root.
Takže, pokud jde o vaše volby, je to „domácí“ věc, ale již postavená a osvědčená, se spoustou balíčků. Je tam i průvodce. (I když to vypadá trochu specificky pro NetBSD, není a mělo by fungovat stejně dobře na Linuxu.)
Linuxbrew je přesně ekvivalent homebrew pro Linux. Možná neexistoval, když OP položil otázku, ale nyní existuje a funguje velmi dobře.
Odlehčené izolované linuxové prostředí
Pod jakým uživatelem by měl Apache a PHP běžet? Jaká oprávnění by měly mít soubory /var/www?