Kompresní poměr nelze zlepšit bez dekomprese dat. Před komprimací nemusíte extrahovat všechny soubory zip, ale před opětovnou komprimací bych doporučil dekomprimovat jeden celý soubor zip.
Je možné znovu zkomprimovat soubory v souboru zip jeden po druhém a znovu je přidat před přechodem na další soubor obsažený v souboru zip. To vyžaduje N přepsání souboru zip pro soubor zip obsahující N souborů. Mnohem efektivnější je extrahovat N souborů a vygenerovat nový zipfile najednou, komprimovat všechny soubory pomocí -9 .
Existuje nástroj s názvem AdvanceCOMP, který dělá přesně to, co hledáte. Znovu komprimuje soubory ZIP a GZ (a některé další) bez zprostředkující extrakce na disk. (Věřím, že použitým mechanismem je dekomprimovat data a znovu je zkomprimovat, ale to nevyžaduje zápis souborů na disk nebo regeneraci metadat.)