Pokud má vaše distribuce aktuální TeXLive 2012 (například testování Debianu), můžete provést úplnou instalaci s oficiálními balíčky a také odstranit všechny texlive balíčky a proveďte novou instalaci v /usr/local podle jedné z možností vysvětlených na webu skupiny uživatelů TeX, protože to umožňuje a instaluje/aktualizuje balíčky TeX prostřednictvím jejich vlastního správce balíčků a konfigurace (tlmgr ) namísto apt-get nebo správce balíčků vaší distribuce (rpm , atd).
Pokud máte stále zastaralou verzi, pravděpodobně TeXLive 2009 v Ubuntu, bez tlmgr , je lepší druhá možnost, protože dochází k významným změnám a vylepšením. (Některé zajímavé příklady, které můžete najít na tomto webu, nelze s touto verzí zkompilovat).
Míchání souborů se soubory z instalace MiKTeX může být zdrojem problémů. Jak je uvedeno v této odpovědi, nainstalujte extra balíčky lokálně (~/texmf ), vždy podle souboru readme, a když jste například zkontrolovali v CTAN, že balíček není v TeXLive, a proto nemůžete nainstalovat pomocí správce balíčků Linuxu (jako apt-get ) nebo TeXLive (tlmgr ).
Zkrátka:Nedělejte to!
TeXLive a MiKTeX jsou různé distribuce TeXu s vlastním, odlišným správcem balíčků. Nainstalujte tedy obě distribuce s jejich instalačním programem. Například TeXLive používá perlu, kterou MikTeX nemůže použít stejným způsobem ...
Pokud chcete používat speciální balíčky na obou distribucích, můžete vytvořit místní strom texmf, nainstalovat balíčky (podle souborů readme) do vašeho místního stromu texmf a použít tento místní strom texmf v obou distribucích.