Máte pravdu:latex filename.tex a další výše uvedený příkaz jsou prostředky ke spuštění verze TeXu z příkazové řádky.
Ve skutečnosti nevyžadují parametry, ale můžete se také podívat na konfiguraci softwaru GUI, jako je Texmaker, nebo zadat do příkazového řádku latex --help zobrazíte úplný seznam dostupných možností. Například volba -interaction=nonstopmode latex se nezastaví při každé chybě...
Tyto programy běží najednou:neprovedou žádnou akci. Za tímto účelem můžete v Linuxu napsat Makefile, který zařídí požadované kroky kompilace, jak je uvedeno zde nebo zde.
Pro manuál můžete zkusit man latex , ale nemyslím si, že je to dobrá odpověď nebo otázka. Výše uvedené příkazy spouštějí Latex/Pdflatex/... stejným způsobem jako editor GUI.