vaše konfigurace říká:otočit 2
to znamená, že soubory protokolu se před odstraněním 2krát otočí, takže logrotate se stará pouze o 2 soubory.
odhaduji, že konfigurace byla v určitém okamžiku změněna, protože dříve bylo uchováváno více souborů protokolu, možná to bylo něco jako rotace 28. tyto starší soubory musíte odstranit ručně.