Řešení 1:
Konečně jsem našel problém.
Usoudil jsem, že proces 1 (systemd) byl spuštěn pomocí --switched-root a -deserializovat .A jak jsem našel v tom odkazu, zdá se, že existují nějaké interní parametry, které se snaží znovu načíst nějaký dříve uložený stav.
Provedl jsem kill -9 v procesu 1 a nyní se systemd objeví bez přepnutého roota a systemctl opět funguje s restartem nebo bez něj.
Řešení 2:
Dvě alternativní řešení problému:
1 – restartování pomocí
systemctl --force --force reboot
nebo
2- bez restartu, pouze přesouvání souborů relace
mv /run/systemd/system/session-*.scope /tmp/