AC_CHECK_HEADERS ve skutečnosti provádí kontrolu kompilace, nikoli kontrolu existence. Takže musíte nastavit podporu C++ pro testy kompilace, aby se hlavičky boostu zkompilovaly (výchozí je C, zde dokumenty):
AC_LANG_PUSH([C++])
AC_CHECK_HEADERS([boost/foreach.hpp], [],
[AC_MSG_ERROR(You need the Boost libraries.)])
AC_LANG_POP([C++])
V GNU Autoconf Archive je také sbírka maker Boost autoconf. Pravděpodobně budete potřebovat alespoň AX_BOOST_BASE. Jsou zde také další makra pro ostatní knihovny Boost.