použijte volbu -c k bash, abyste mu dali příkazový řádek jako řetězec:
sudo docker run -i -t crystal/mono-base bash -c "/usr/local/bin/mono /home/crystal/Downloads/BackgroundProcesser.exe & /bin/bash"
a vložte něco po tom, co příkaz na pozadí do kontejneru okamžitě neukončí