Také jsem měl podobný problém při provádění příkazu ffmpeg z PHP skriptu. Řešení jsem našel provedením následujícího příkazu z terminálu. Vkládám tento příkaz sem, aby s tím někdo získal pomoc.
sudo mv /opt/lampp/lib/libstdc++.so.6 /opt/lampp/lib/libstdc++.so.6.orig
Nyní stačí spustit váš php skript, doufám, že to bude fungovat.