Zip sice podporuje *nix oprávnění, ale pod Windows neexistuje žádný nástroj, který by vám je umožňoval libovolně nastavit. Je možné napsat Python skript, který je dokáže nastavit.
Můžete použít docker ke komprimování souborů včetně oprávnění v systému Windows
docker run -it --rm -v c:/Users/john/some/where:/data alpine
# within container do
apk add zip && cd /data && zip -r archive.zip dir-to-be-zipped