Jak Lou zmínil, zkuste mkvmerge takto (z příkazového řádku):
mkvmerge -o output.webm -w file1.webm + file2.webm
Nezapomeňte, že formát kontejneru WebM je striktní podmnožinou Matrosky, takže nástroje Matrosky budou fungovat na souborech WebM. Vyzkoušejte mkvmerge (který je součástí mkvtoolnix) pro opětovné muxování souborů bez překódování. Výsledek může nebo nemusí být pro vaše účely uspokojivý, ale mkvtoolnix je vyspělý a licencovaný GPLv2 a stojí za vyzkoušení. Existuje dokonce grafické uživatelské rozhraní mkvmerge.