Obecně nemám ponětí, proč to není zmapováno tak, jak by mělo. Ale našel jsem pro to řešení:
ffmpeg -i 01300.mov -filter_complex "[0:v]null[video_out];[0:a]anull[audio_out]" -map [video_out] -map [audio_out] out.mov
Vypadá to, že ffmpeg nemůže správně namapovat tento 3. stream.
Odpověď na tuto otázku, protože se objevuje ve vyhledávání Google (aby pomohla ostatním, kteří hledají řešení).
Toto bylo opraveno od tohoto tiketu, https://trac.ffmpeg.org/ticket/5492, a stopy se můžete zbavit přidáním -write_tmcd 0 na příkaz ffmpeg.
Toto je konkrétně pro Data (tmcd) dráha. Pro ostatní (titulky, data obecně atd.) kombinace buď -dn , -map -0:d a podobné příkazy by měly pomoci.