zkuste použít mencoder (část kódování mplayer ) takto:
mencoder -idx problemfile.avi -ovc copy -oac copy -o reindexedfile.avi
(přes http://www.kahunaburger.com/2010/01/30/fixing-an-avi-index-with-mencoder/)
Vynutit index
mencoder -forceidx input.avi -o output.avi -oac copy -ovc copy
Kopírovat vše
mencoder -ovc copy -oac copy input.file -o output.file
Viz také https://stackoverflow.com/questions/894903/how-can-i-validate-a-video-file-from-a-script