Chcete-li vyloučit vzor, musíte použít parametr -I:
tree -a -I '.git'
Doufám, že to pomůže.
Napsal jsem klon stromu s názvem tree-fiddy založený na uzlu, který respektuje nastavení gitignore. Momentálně je to docela alfa, ale na mých počítačích to funguje dobře.