ukončete všechna připojení SSH jedním příkazem a zavřete PuTTY

Zkuste použít ssh sekvence escape ukončení připojení.

V ssh session, zadejte ~. (tečka vlnovky). Znaky při psaní neuvidíte, ale relace se okamžitě ukončí.

$ ~.
$ Connection to me.myhost.com closed.  

Od man 1 ssh

The supported escapes (assuming the default ‘~’) are:
 ~.      Disconnect.
 ~^Z     Background ssh.
 ~#      List forwarded connections.
 ~&      Background ssh at logout when waiting for forwarded 
         connection / X11 sessions to terminate.
 ~?      Display a list of escape characters.
 ~B      Send a BREAK to the remote system (only useful for SSH protocol
         version 2 and if the peer supports it).
 ~C      Open command line.  Currently this allows the addition of port 
         forwardings using the -L, -R and -D options (see above). It also
         allows the cancellation of existing remote port-forwardings using 
         -KR[bind_address:]port.  !command allows the user to execute a 
         local command if the PermitLocalCommand option is enabled in
         ssh_config(5).  Basic help is available, using the -h option.
 ~R      Request rekeying of the connection (only useful for SSH protocol 
         version 2 and if the peer supports it).

Stačí stisknout Ctrl D a odhlásí vás tam, podržte ctrl a stiskněte "d", dokud okno nezmizí.

Jednoduše zavřete PuTTY. (Alt +F4 ve výchozím nastavení IIRC.)