úloha cron pro spuštění ve virtuálním prostředí conda

Zveřejnil pracovní řešení (na Ubuntu 18.04) s podrobným odůvodněním SO.

Krátká forma je:

1. Zkopírujte úryvek připojený Anacondou v ~/.bashrc (na konci souboru) do samostatného souboru ~/.bashrc_conda

Od instalace Anaconda 2020.02 zní úryvek takto:

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/USERNAME/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/USERNAME/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/USERNAME/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/USERNAME/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

Ujistěte se, že:

• Cesta /home/USERNAME/anaconda3/ je správně.
• Uživatel spouštějící cronjob má oprávnění ke čtení pro ~/.bashrc_conda (a žádný jiný uživatel nemůže do tohoto souboru zapisovat).

2. V crontab -e přidejte řádky ke spuštění cronjobů na bash a do zdroje ~/.bashrc_conda

Spusťte crontab -e a vložte následující před cronjob :

SHELL=/bin/bash
BASH_ENV=~/.bashrc_conda

3. V crontab -e zahrnout na začátek cronjob conda activate my_env; jako v příkladu

Příklad záznamu pro skript, který by se spouštěl každý den v poledne ve 12:30 na interpretu Pythonu v prostředí conda:

30 12 * * * conda activate my_env; python /path/to/script.py; conda deactivate

A je to.

Možná budete chtít čas od času zkontrolovat, zda je fragment v ~/.bashrc_conda je aktuální pro případ, že conda aktualizuje svůj fragment v ~/.bashrc .

Nalezena odpověď na zásobníku přes tok:

https://stackoverflow.com/questions/3287038/cron-and-virtualenv

Řešením je odkazovat na spustitelný soubor pythonu v samotném virtuálním prostředí. V mém případě jsem změnil soubor bash, aby spouštěl tento spustitelný soubor:

/home/etlservice/anaconda3/envs/sql_server_etl/bin/python

Toto je řešení, které se mi osvědčilo.

source /root/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh && \
conda activate <your_env> && \
python <your_application> &

Používám minicondu s Conda verze 4.7.12 na Ubuntu 18.04.3 LTS.

Výše uvedené jsem schopen umístit do skriptu a spustit jej také přes crontab bez jakýchkoli problémů.