jak vložit nový řádek, pokud má řádek více než 60 znaků

Zkuste:

$ awk '{print $1; for (i=1;i<=length($2);i=i+60) print substr($2,i,60)}' file
>Directory1/file3
CTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCCCCSCBCC
CCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCC
CCSCBCCCCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTT
TCCCCCCCCSCBCCCCCCCCS
>Directory1/file4
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Jak to funguje:

1. print $1

   Tím se vytiskne první pole na řádku.

2. for (i=1;i<=length($2);i=i+60) print substr($2,i,60)

   Pro druhé pole na řádku tiskneme 60 znaků najednou, dokud nedosáhneme konce pole.

Můžete použít GNU coreutils fold :

fold -w60 file