Chcete přispět k výzkumu koronaviru? Na to nemusíte být nutně vědec. Díky projektu [email protected] můžete přispět částí výpočetního výkonu svého počítače.
Zní to zajímavě? Dovolte mi, abych se o něm podělil o další podrobnosti.
Co je [e-mail chráněn]?
[email protected] je distribuovaný výpočetní projekt pro predikci proteinové struktury, založený v Bakerově laboratoři na University of Washington a běžící na open source platformě Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC), která byla původně vyvinuta pro podporu [email chráněný].
Nemáte dostatečný výpočetní výkon? Využijte výkon distribuovaných výpočtů
Předpovědět a navrhnout struktury přirozeně se vyskytujících proteinů je velmi výpočetně náročné. Aby se proces urychlil, Dr. David Becker zaplnil celou laboratoř a chodbu stolními počítači. Pak začali dostávat stížnosti na zahřívání budovy, ale stále neměli dostatek výpočetního výkonu, aby přesně předpověděli a navrhli proteinové struktury.
Jak [email protected] funguje?
[email protected] využívá nečinný výpočetní výkon z počítačů dobrovolníků k provádění výpočtů na jednotlivých pracovních jednotkách. Když je požadovaný úkol dokončen, klient odešle výsledky na centrální projektový server, kde jsou ověřeny a začleněny do projektových databází.
Od 28. března 2020 byl výpočetní výkon [chráněno e-mailem] zvýšen až na 1,7 PetaFlops kvůli nedávno připojeným uživatelům, kteří se chtějí zapojit do boje proti pandemii COVID-19. Díky tomu 26. června 2020 výzkumníci [email protected] oznámili, že vytvořili antivirové proteiny, které v laboratoři neutralizují SARS-CoV-2.
Je platforma BOINC bezpečná?
Po několika letech provozu na milionech systémů nebyly kvůli BOINC hlášeny žádné bezpečnostní incidenty. Tato skutečnost neznamená, že neexistuje možnost bezpečnostních rizik.
BOINC používá mechanismus zvaný podepisování kódu na základě šifrování veřejného klíče , která tuto zranitelnost eliminuje, pokud projekty používají správné postupy. Každý projekt má pár podepisovacích klíčů skládající se z veřejného klíče a soukromého klíče, který se používá k vytváření „podpisů“ pro programy. Klient BOINC bude spouštět pouze programy s platnými podpisy.
Projekty mají pokyn uchovávat soukromý klíč pouze na počítači, který je pro vytváření podpisů trvale offline. Hackeři proto nemohou přimět BOINC ke spuštění malwaru.
Většina BOINC projektů se řídí těmito praktikami. Pokud máte obavy o bezpečnost, měli byste se k projektu připojit pouze tehdy, pokud víte, že postupuje správně podle postupu podepisování kódu. Máte-li pochybnosti, můžete požádat administrátory projektu, aby popsali, jak provádějí podepisování kódu.
Přispívání do [email protected] s platformou BOINC
Pokud máte zájem přispět k vědeckému výzkumu tím, že věnujete nějaký výpočetní výkon, zbytek tohoto článku vám pomůže.
Budu diskutovat o následujícím:
- Předpoklad pro připojení k platformě BOINC
- Použití platformy BOINC k darování výpočetního výkonu projektu dle vašeho výběru prostřednictvím vašeho desktopového Linuxu
- Používání Raspberry Pi ke spuštění BOINC po celou dobu
Systémové požadavky platformy BOINC
Distribuovaná počítačová platforma BOINC, se kterou máte přístup [chráněno e-mailem], je k dispozici v 64bitovém operačním systému, jako je Windows, Linux a macOS a FreeBSD.
Budete potřebovat CPU alespoň 500 MHz, 200 MB volného místa na disku, 512 MB RAM a připojení k internetu.
Čím více jader CPU má váš systém, tím více paměti RAM je potřeba, protože pracovní jednotka „krmí“ každé jádro.
Vytvořte si uživatelský účet na platformě BOINC
Před konfigurací platformy BOINC si vytvořte účet pomocí počítače. Pokud budete používat Raspberry Pi, můžete se připojit k týmu „crunch-on-arm“.
Upozorňujeme, že stejný účet lze použít na více počítačích současně. Všechny vaše počítače se zobrazí ve vašem účtu.
Nainstalujte platformu BOINC na různých linuxových distribucích
Aplikace BOINC má následující prvek:
- boinc-client (démon, který provozuje platformu)
- boinctui:terminálové rozhraní pro výběr projektů a další nastavení
- boinc-manager:rozhraní založené na grafickém uživatelském rozhraní pro výběr projektů a další nastavení
Pokud používáte server, měli byste nainstalovat boinctui. Pokud používáte Linux desktop, můžete se rozhodnout pro boinc-manager.
V této části tutoriálu zůstanu u nástroje GUI.
V Debianu/Ubuntu
Nástroje BOINC jsou dostupné ve vesmírném úložišti v Ubuntu 20.04, takže se ujistěte, že máte na svém systému Ubuntu povolený vesmírný repozitář.
K instalaci použijte následující příkazy:
sudo apt install boinc-client boinc-managerInstalovat BOINC na Fedoru
Otevřete terminál a zadejte následující příkaz:
sudo dnf install boinc-client boinc-managerInstalovat BOINC na RedHat/CentOS
Nejprve se ujistěte, že je povoleno úložiště EPEL spuštěním následujícího příkazu na terminálu:
sudo yum install epel-releaseNyní můžete nainstalovat potřebné balíčky:
sudo yum install boinc-client boinc-managerOtevřete správce BOINC a přidejte projekt
Po instalaci otevřete správce BOINC. Budete požádáni o přidání projektu a vytvoření účtu nebo přihlášení k existujícímu.
Přidejte své přihlašovací údaje a po zobrazení výzvy klikněte na tlačítko Dokončit.
Po několika minutách se stav změní na běžící.
Nemusíte se obávat, zda budou vaše systémové prostředky spotřebovány, když budete chtít počítač používat. Ve výchozím nastavení, pokud správce BOINC zaznamená, že uživatel potřebuje více než 25 % zdrojů CPU, výpočet BOINC bude být pozastaven.
Pokud chcete, aby byla aplikace pozastavena při nižším nebo vyšším využití procesoru, můžete změnit nastavení svého profilu na webu, kde jste si vytvořili účet.
[e-mail chráněný] na Raspberry Pi 4
Ideálním zařízením pro nepřetržitý provoz aplikace [chráněné e-mailem] je Raspberry Pi, které je dostatečně výkonné a má velmi nízkou spotřebu energie.
K boji proti COVID-19 pomocí Raspberry Pi 4 potřebujete model s 2 GB RAM nebo více. Moje osobní doporučení je možnost 4 GB RAM, protože u mého 2 GB modelu je jedno z jader nečinné, protože mu dochází paměť.
Krok 1:Instalace serveru Ubuntu (Doporučeno)
Na svém Raspberry Pi musíte mít nějaký operační systém. Instalace serveru Ubuntu na Raspberry Pi je jednou z nejpohodlnějších možností.
Krok 2:Nainstalujte platformu BOINC
Chcete-li nainstalovat klienta BOINC a rozhraní pro správu příkazového řádku, spusťte na serveru běžícím na Raspberry Pi následující příkaz.
sudo apt install boinc-client boinctuiDalší kroky pro model Raspberry Pi 2 GB
Váš účet je standardně nastaven tak, aby využíval 90 % paměti, když je uživatel nečinný. Pracovní jednotky Rosetta vyžadují ke spuštění na čtyřjádrovém Raspberry Pi 1,9 gb paměti, takže existuje možnost, že klient nebude moci spustit kvůli počátečnímu čtení. Pokud Raspberry Pi dojde paměť, pozastaví jednu ze 4 spuštěných úloh, jak bylo zmíněno dříve. Chcete-li přepsat práh 1,9 gb, přidejte následující řádky do umístění níže:
sudo nano /var/lib/boinc-client/global_prefs_override.xmlPřidejte nyní tyto řádky
<global_preferences>
<ram_max_used_busy_pct>100.000000</ram_max_used_busy_pct>
<ram_max_used_idle_pct>100.000000</ram_max_used_idle_pct>
<cpu_usage_limit>100.000000</cpu_usage_limit>
</global_preferences>
Toto nastavení zvýší výchozí paměť dostupnou pro Rosetta na maximální velikost paměti na desce.
Krok 3:Přidejte projekt [chráněný e-mailem]
Na příkazovém řádku Raspberry Pi zadejte „boinctui“ a kliknutím na Enter načtěte grafické uživatelské rozhraní terminálu.
boinctuiStiskněte F9 na klávesnici, abyste snížili možnosti nabídky. Pomocí kláves se šipkami přejděte na Projects a stiskněte Enter.
Můžete si všimnout několika dostupných projektů, ze kterých si můžete vybrat, ale pokud máte zájem aktivně podpořit boj proti COVID-19, zvolte Rosetta. Budete vyzváni k vytvoření uživatelského účtu nebo k použití existujícího účtu.
Vyberte „Stávající uživatel“ a zadejte přihlašovací údaje, které jste vytvořili na webu v prvním kroku. Jak můžete vidět, projekt Rosetta jsem již vybral.
Stažení pracovních jednotek chvíli potrvá a poté se automaticky začnou shromažďovat data na vašem Raspberry Pi 4!
Závěr
Pokud chcete přestat používat BOINC, jednoduše smažte balíčky boinc, které jste nainstalovali dříve. Věřím, že víte, jak používat správce balíčků vaší distribuce k odebrání softwaru.
Jednou z výhod distribuce výpočetní techniky je umožnit uživatelům darovat své systémové prostředky pro obecné dobro. Navzdory zármutku, který se pandemie rozšířila po celém světě, může nás také přimět, abychom si uvědomili nutnost dobrovolnictví tím či oním způsobem.
Pokud jste někdy přemýšleli o dobrém využití vašeho Raspberry Pi, můžete do seznamu zahrnout [email protected].
Dejte nám vědět v komentářích níže, zda jste začali „drtit“ a jakou platformu jste si vybrali. Zůstaňte v bezpečí!