Pro lidi, kteří sem v budoucnu přijdou, problém byl, že jsem používal MongoDB 4.0 na místní a server byl na 4.2:
Počínaje verzí 4.2 používá mongodump pro soubory metadat formát Extended JSON v2.0 (Canonical). Chcete-li analyzovat tyto soubory pro obnovu, použijte mongorestore verze 4.2+, která podporuje formát Extended JSON v2.0 (kanonický nebo uvolněný režim). Podrobnosti naleznete v části "Formát metadat" na tomto:[docs.mongodb.com/manual/reference/ program/mongodump][1]
zdroj:https://dba.stackexchange.com/questions/250312/failed-to-restored-indexes-using-mongorestore-mongodb