Může se stát, že když spouštíte Linux, necháte Windows ve stavu spánku/hibernace, místo abyste jej vypnuli. (Windows 10 je notoricky odolný proti řádnému vypnutí.) Windows možná uchovává část souborového systému v paměti (tj. soubor stránky) a neočekává, že by nějaký jiný operační systém upravil disk.
Zkuste přijít na to, jak skutečně vypněte Windows.
Nejnovější verze systému Windows obsahují optimalizace spouštění, které zahrnují ukládání dat disku do mezipaměti někde jinde než na stejném disku, což způsobuje chování, které jste zjistili, když k disku přistupuje jiný operační systém.
Můžete použít zásady skupiny Vypnout spouštění a obnovit optimalizace (umístěný v Computer Configuration\Administrative Templates\System\Disk NV Cache), což by mělo umožnit Windows ukládat pouze soubory, které jsou na jejich oddílu. K dispozici jsou také některá další nastavení Nonvolatile Caching, ale to by mělo vyřešit váš problém.